對于不良的生態平衡，興修水利工程本身就是對其進行良性改造，使之朝著有利于人類的健康方向發展。關鍵是我們在工程施工過程中，怎樣盡最大努力去減小人類對其的不良影響。這就給工程的建設者們提出了以下任務：
（1）規劃設計的前期，要切實搞好工程所在地水文資料的收集及地質條件的勘測。如大型蓄水庫，重點是水文資料和地質構造，充分考慮大壩的防洪能力、穩定性以及避免地震的誘發。
（2）規劃中還應設計一定的工程構造，以滿足大壩流域內水生物的生活習性，減少庫區淹沒范圍。
（3）施工階段的任務：
①在施工承包合同的簽訂時，承包商對施工現場污染物的擴散和施工人員的勞動保護所應負的責任，應寫進合同書內，要有環保措施，對各種污染物排放要限制在標準以內。
②施工前要在施工現場建立必要的環保監測機構，進行水質、大氣、噪聲的本底測定，便于和施工階段不同時期的監測結果進行對比。
③施工人員進入工地后，還要建立衛生防疫機構，以避免施工期數萬工人集中在一起，引起流行病的傳播和擴散。這方面的教訓，在我國大躍進時期的興修水利中是十分深刻的。
（4）施工后期的任務。特別要對施工階段破壞的植被景觀及時恢復，制訂工區的全面綠化規劃，以保護已經形成的生態平衡。在工區范圍內的生物圈內，研究生物資源的利用、保護和生產的合理方式，控制規劃人群自身的發展，保持生物種群的恰當比例。
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